Պաշտպանի աշխատակազմի համագործակցությունը «ԼՂՀ փախստականների միություն» հասարակական կազմակերպության հետ իրականացվում է փախստական և ներքին տեղահանված անձանց հուզող հիմնախնդիրների վերհանման ու նրանց իրավունքների պաշտպանության ուղղությամբ: Այդ առումով, Պաշտպանի ջանքերն ուղղված են և՛ ներքին, և՛ միջազգային հարթակներում նշյալ անձանց հիմնախնդիրների բարձրացմանն ու իրավունքների պաշտպանությանը:
Պաշտպանի աշխատակազմը համագործակցում է «Քաղաքացիական նախաձեռնությունների կենտրոն» հասարակական կազմակերպության հետ հատկապես ազատազրկված անձանց իրավունքների պաշտպանության և մարդու իրավունքների վերաբերյալ իրազեկման աշխատանքների ուղղությամբ:
Պաշտպանի աշխատակազմի համագործակցությունը «Մայրություն» հասարակական կազմակերպության հետ առնչվում է հիմնականում մարդու իրավունքների վերաբերյալ իրազեկման աշխատանքներին:
Պաշտպանը ակտիվ համագործակցություն է իրականացնում ՀՀ Մարդու իրավունքների պաշտպանի հետ՝ համադրելով աշխատանքները միջազգային հարթակներում, կազմակերպելով պարբերական փոխայցելություններ, փորձի փոխանակում և այլն: Երկու Պաշտպանների համագործակցության դրսևորումներից է նաև քննարկման նպատակով դիմումների փոխանցումը:
Պաշտպանի աշխատակազմը համագործակցում է Վորլդ վիժն Հայաստան կազմակերպության հետ՝ համատեղ մեկնարկելով աղքատության փուլային հաղթահարման պիլոտային ծրագիր Արցախում, ինչպես նաև իրականացնելով երեխաների իրավունքների պաշտպանության իրավիճակի համապարփակ գնահատում:
«Իմ քայլը» հիմնադրամի հետ համագործակցության շրջանակներում Պաշտպանի աշխատակազմը համատեղ մեկնարկել է աղքատության փուլային հաղթահարման պիլոտային ծրագիր Արցախում, ինչպես նաև կազմակերպել է «Լույսի մոլորակ» ծնողի ու մանկան կրթական փառատոնը:
«Հույսի կամուրջ» հասարակական կազմակերպության հետ համագործակցությունը տեղի է ունենում հաշմանդամություն ունեցող անձանց իրավունքների պաշտպանության վիճակի հետազոտության ու իրազեկման աշխատանքների կազմակերպման տեսքով:
Հայ բարեգործական ընդհանուր միության և դրա Հայաստանի մասնաճյուղի հետ համագործակցությունն ընդգրկում է Պաշտպանի աշխատակազմի կարողությունների զարգացումը, մարդու իրավունքներին վերաբերող ծրագրերի իրականացումը, ինչպես նաև այս կայքի պատրաստումը՝ որպես իրազեկման աշխատանքներին մեծ աջակցություն: